Tíživá politická situace se od podzimu 1938 začala projevovat i ve veškerém sportovním dění. Čeští sportovci tehdejší Jihlavy, města se silnou německou menšinou, pociťovali dvojnásob veškeré politické otřesy, jež následně přinesly našim národům více než šestiletou porobu a nejčernější období naší historie. Na rozdíl od první světové války, kdy veškerý sportovní ruch v Jihlavě zcela utichl, těžká doba druhé světové války sjednotila všechny české sportovce. Nepřímo tomu pomohli i sami okupanti, kteří se v první řadě vrhli na potlačení politických stran, spolků a korporací, zatímco sportovní hnutí zpočátku podceňovali.
Vedoucí sportovní činitelé si uvědomili, že česká sportoviště budou prakticky jedinými místy, kde se budou moci lidé shromažďovat, víceméně volně si vyměňovat své názory a někdy si i česky zanadávat. Reprodukovaná hudba z hřiště SK Jihlava, byla často jediným pojítkem mezi těmi, kdož byli ještě na svobodě a mezi těmi, kteří trpěli pro své přesvědčení v gestapáckých žalářích budovy sousedícího krajského soudu.
Po rozpuštění dalších tělovýchovných organizací (DTJ, Sokol, FPT, Orel) vedení SK vůbec nedbalo zákazů a nařízení a umožnilo řadě jejich členů provozování další činnosti v rámci klubu. Vznikly tak další oddíly jako odbíjená, košíková nebo lehká atletika. Po zrušení jihlavského Hellasu sem přešly i zápasníci nebo členové nově vytvořeného oddílu džiu-džitsu.
Tečku za těžkým životem SK Jihlava a TJ Sokol Jihlava v době druhé světové války učinil dopis jihlavského Sokola:
"Klademe si za povinnost, abychom vám poděkovali za vaši laskavost a národní uvědomění, kterým bylo nám, členům TJ Sokol v Jihlavě, a to nejen volejbalistům, ale i košíkářům a lehkým atletům, umožněno po zastavení činnosti v roce 1941, scházet se na vašem hřišti a toho používat. Víme, že jste tak učinili na úkor jiných svých sportovců a odborů z pohnutek čistě sportovních a charakterních a bude nám proto váš čin vždy příkladem, protože jste se vystavili jako celek i jako jednotlivci nebezpečí, které mohlo mít dalekosáhlé následky tím, že jste do svých řad přijali členy rozpuštěného Sokola." Rok 1930 proběhl v Jihlavě ve znamení oslav dvacetiletého trvání SK Jihlava. Sportovní život v Jihlavě byl stále rozmanitější, přibývaly další sportovní oddíly, například stolní tenis s roce 1932, úspěšně si vedli šachisté a aktivní byli turisté.